ថ្មីៗនេះ ខ្ញុំបានរកឃើញអ្វីដែលអស្ចារ្យ!អ្នកជំនាញការពិសោធន៍កម្រិតខ្ពស់ជាច្រើននៅជុំវិញគាត់ មិនដឹងចំណុចចំណេះដឹងជាមូលដ្ឋានមួយចំនួនក្នុងការពិសោធន៍។
ជាឧទាហរណ៍ តើអ្នកអាចឆ្លើយសំណួរខាងក្រោមបានទេ?
តើមានភាពខុសគ្នារវាង OD260 និង A260 ដែរឬទេ?តើនីមួយៗមានន័យដូចម្តេច?
OD គឺជាអក្សរកាត់នៃដង់ស៊ីតេអុបទិក (ដង់ស៊ីតេអុបទិក) A គឺជាអក្សរកាត់នៃការស្រូប (ស្រូបយក) គោលគំនិតទាំងពីរគឺពិតជាដូចគ្នា “ដង់ស៊ីតេអុបទិក” គឺ “ស្រូប” ប៉ុន្តែ “ដង់ស៊ីតេអុបទិក” គឺស្របតាមស្តង់ដារជាតិភាគច្រើន និងមានលក្ខណៈស្តង់ដារច្រើនជាង។
ជាធម្មតាយើងវាស់តម្លៃ OD នៅ 260nm ដើម្បីគណនាកំហាប់អាស៊ីត nucleic ដូច្នេះតើ 1OD តំណាងឱ្យអ្វី?
អាស៊ីតនុយក្លេអ៊ីកមានកម្រិតស្រូបយកអតិបរមានៅរលកប្រវែង 260nm ដែលមានទាំង DNA និង RNA ក៏ដូចជាបំណែកនៃអាស៊ីត nucleic ដែលបែកខ្ញែក (នេះជាចំណុចសំខាន់)។
តម្លៃ OD ដែលវាស់នៅរលកនៃ 260 nm ត្រូវបានកត់ត្រាជា OD260 ។ប្រសិនបើគំរូគឺសុទ្ធ តម្លៃ OD260 អាចគណនាកំហាប់នៃសំណាកអាស៊ីតនុយក្លេអ៊ីក។
1 OD260 = 50 μg/ml dsDNA (DNA ខ្សែពីរ)
= 37 μg/ml ssDNA (DNA ខ្សែតែមួយ)
= 40 μg/ml RNA
= 30 μg/ml dNTPs (oligonucleotides)
តើមានការតភ្ជាប់ និងភាពខុសគ្នារវាង RT-PCR, Realtime-PCR និង QPCR ដែរឬទេ?
RT-PCR គឺខ្លីសម្រាប់ Reverse Transcription PCR
ពេលវេលាពិត PCR = qPCR ខ្លីសម្រាប់ PCR ពេលវេលាពិតបរិមាណ
ទោះបីជា PCR ពេលវេលាពិត (PCR បរិមាណ fluorescent ពេលវេលាពិត) និង Reverse Transcription PCR (PCR បញ្ច្រាស) ទាំងពីរហាក់ដូចជាអក្សរកាត់ថា RT-PCR ។ប៉ុន្តែអនុសញ្ញាអន្តរជាតិគឺ៖ RT-PCR សំដៅជាពិសេសទៅលើ PCR ប្រតិចារិកបញ្ច្រាស។
តើអ្វីទៅជា nt, bp, និង kb ដែលប្រើជាទូទៅដើម្បីពិពណ៌នាអំពីប្រវែងនៃ DNA/RNA ក្នុងជីវវិទ្យា?
nt = នុយក្លេអូទីត
bp = គូមូលដ្ឋាន គូមូលដ្ឋាន
kb = គីឡូបៃ
ប្រាកដណាស់ អ្នកនឹងនិយាយថា មនុស្សជាច្រើនមិនខ្វល់ពីព័ត៌មានលម្អិតតូចៗទាំងនេះទេ!មនុស្សគ្រប់គ្នាធ្វើបែបនេះ ហើយគ្មាននរណាម្នាក់នឹងសួរអ្នកថាវាជាអ្វី។អ្នកដឹងថានេះមិនចាំបាច់ទេមែនទេ?
អត់ទេ អត់ទេ ចាំបាច់ណាស់ត្រូវដឹងរឿងនេះ!ដោយសារអ្វី?
ព្រោះចង់ប្រកាសអត្ថបទ!បង!មិនថាអ្នកចង់បញ្ចប់ការសិក្សាឬបន្តការស្រាវជ្រាវសមិទ្ធិផលវិទ្យាសាស្ត្រទេ អ្នកត្រូវតែពឹងលើអត្ថបទដើម្បីនិយាយ!
ការទាញយកអាស៊ីត nucleic គួរតែជាការពិសោធន៍សាមញ្ញបំផុត និងជាមូលដ្ឋានបំផុត។គុណភាពនៃការទាញយកអាស៊ីត nucleic ដោយផ្ទាល់កំណត់លទ្ធផលនៃការពិសោធន៍ជាបន្តបន្ទាប់។
ទោះបីខ្ញុំនិយាយច្រើនដងហើយក៏នៅមានមិត្តភ័ក្ដិជាច្រើនទៀតដែលមិនខ្វល់។លើកនេះខ្ញុំសម្រេចចិត្តចេញពីអត្ថបទ!
ព័ត៌មានអប្បបរមាសម្រាប់ការបោះពុម្ពផ្សាយនៃការពិសោធន៍ PCR ពេលវេលាជាក់ស្តែងបរិមាណ ដែលហៅថា MIQEគឺជាសំណុំនៃគោលការណ៍ណែនាំអំពីការពិសោធន៍បរិមាណហ្វ្លុយអូរីសសេនដែលត្រូវបានដាក់ឱ្យដំណើរការជាអន្តរជាតិ ដែលស្នើឱ្យមានស្តង់ដារអប្បបរមាសម្រាប់ព័ត៌មានពិសោធន៍ដែលចាំបាច់សម្រាប់ការវាយតម្លៃការពិសោធន៍ PCR បរិមាណហ្វ្លុយអូរីសសេន និងការបោះពុម្ពអត្ថបទ។តាមរយៈលក្ខខណ្ឌពិសោធន៍ និងវិធីសាស្រ្តវិភាគដែលផ្តល់ដោយអ្នកពិសោធន៍ អ្នកត្រួតពិនិត្យអាចវាយតម្លៃបានប្រសើរជាងមុនអំពីសុពលភាពនៃគ្រោងការណ៍ពិសោធន៍របស់អ្នកស្រាវជ្រាវ។
វាអាចត្រូវបានគេមើលឃើញថានៅក្នុងផ្នែកនៃការទាញយកអាស៊ីត nucleic ធាតុរាវរកខាងក្រោមត្រូវបានស្នើឡើង។
“E” បង្ហាញពីព័ត៌មានដែលត្រូវតែផ្តល់ឱ្យ ហើយ “D” បង្ហាញពីព័ត៌មានដែលគួរតែត្រូវបានផ្តល់ប្រសិនបើចាំបាច់។
ទម្រង់គឺស្មុគស្មាញណាស់ តាមពិតខ្ញុំចង់និយាយថាអ្នកគ្រប់គ្នាត្រូវចាប់ផ្តើមពី
ភាពបរិសុទ្ធ (D) ទិន្នផល (D) សុចរិតភាព (E) និងភាពស៊ីសង្វាក់គ្នា (E) ដើម្បីវាយតម្លៃអាស៊ីតនុយក្លេអ៊ីកក្នុងទិដ្ឋភាពទាំងបួននេះ។
យោងទៅតាមទម្លាប់នៃការពិសោធន៍ដំបូងសូមនិយាយអំពីវិធីសាស្រ្តវាយតម្លៃនៃភាពបរិសុទ្ធនិងការប្រមូលផ្តុំ។
ការវាស់វែង OD គឺជាវិធីសាស្ត្ររកឃើញដែលចូលចិត្ត និងងាយស្រួលបំផុតសម្រាប់អ្នកពិសោធន៍។ចំពោះគោលការណ៍ ខ្ញុំនឹងមិននិយាយលម្អិតនៅទីនេះទេ។ឥឡូវនេះ មន្ទីរពិសោធន៍ជាច្រើនបានប្រើឧបករណ៍វាស់ស្ទង់អ៊ុលត្រាមីក្រូ spectrophotometer ដើម្បីវិភាគបរិមាណដោយផ្ទាល់នូវគំរូអាស៊ីតនុយក្លេអ៊ីក។ខណៈពេលដែលបង្ហាញតម្លៃស្រូបយក កម្មវិធីនេះផ្តល់ដោយផ្ទាល់នូវតម្លៃកំហាប់ (អាស៊ីត nucleic ប្រូតេអ៊ីន និងសារធាតុ fluorescent dye) និងសមាមាត្រដែលពាក់ព័ន្ធ។ចំណែកឯការវិភាគតម្លៃ OD សូមរក្សាទុករូបភាពនេះ ហើយអ្នកនឹងមិនអីទេ។
បញ្ជីដំណោះស្រាយតម្លៃ OD ជាសកល
ទោះយ៉ាងណាក៏ដោយ មានការព្រមានមួយចំនួនដែលចាំបាច់ត្រូវចេញដោយឡែកសម្រាប់អ្នក។
(បន្ទាប់ពីទាំងអស់ ខ្ញុំដឹងថាអ្នកត្រូវតែជាអ្នកសន្សំ ហើយរង់ចាំរហូតដល់អ្នកត្រូវការវា!)
ចំណាំ 1 ឧបករណ៍
តម្លៃ OD នឹងត្រូវបានប៉ះពាល់ដោយឧបករណ៍ផ្សេងៗ។ដរាបណា OD260 ស្ថិតនៅក្នុងជួរជាក់លាក់មួយ តម្លៃនៃ OD230 និង OD280 មានអត្ថន័យ។ឧទាហរណ៍ ជួរស្រូបយករបស់ Eppendorf D30 ធម្មតានៅ 260nm គឺ 0~3A ហើយ NanoDrop One of Thermo គឺនៅ 260nm។ជួរស្រូបយក 0.5 ~ 62.5A ។
ចំណាំ ២សារធាតុរំលាយ
តម្លៃ OD អាចត្រូវបានប៉ះពាល់ដោយការពនលាយនៃសារធាតុផ្សេងៗ។ឧទាហរណ៍ការអាន OD260/280 នៃ RNA បន្សុតនៅក្នុង pH៧.៥ ១០ ម។ ទ្រីសសតិបណ្ដោះអាសន្នស្ថិតនៅចន្លោះ 1.9-2.1 ខណៈពេលដែលនៅក្នុងដំណោះស្រាយទឹកអព្យាក្រឹតសមាមាត្រនឹងមានកម្រិតទាបប្រហែលតែ 1.8-2.0 ប៉ុន្តែនេះមិនមានន័យថាគុណភាពនៃ RNA ផ្លាស់ប្តូរខុសគ្នា។
ចំណាំ ៣សារធាតុដែលនៅសេសសល់
អត្ថិភាពនៃសារធាតុដែលនៅសេសសល់នឹងប៉ះពាល់ដល់ភាពត្រឹមត្រូវនៃការវាស់វែងកំហាប់អាស៊ីត nucleic ដូច្នេះចាំបាច់ត្រូវជៀសវាងសំណល់ប្រូតេអ៊ីន phenol សារធាតុ polysaccharide និង polyphenol នៅក្នុងគំរូអាស៊ីត nucleic ឱ្យបានច្រើនតាមដែលអាចធ្វើទៅបាន។
ទោះជាយ៉ាងណាក៏ដោយតាមការពិតការស្រង់ចេញដោយប្រើសារធាតុសរីរាង្គគឺជាវិធីសាស្ត្រចាស់។នៅក្នុងកញ្ចប់ពាណិជ្ជកម្ម ប្រសិទ្ធភាពនៃការស្រង់ចេញអាចត្រូវបានសម្រេចតាមរយៈជួរឈរ adsorption ដែលមានមូលដ្ឋានលើ silica រួមបញ្ចូលគ្នាជាមួយនឹងការ centrifugation ជៀសវាងសារធាតុពុល និងសារធាតុសរីរាង្គដែលបង្កគ្រោះថ្នាក់ដែលពិបាកដកចេញ។ល។ មានបញ្ហាដូចជាឧបករណ៍ទាញយកអាស៊ីត nucleic របស់ Foregene មិនប្រើ DNase/RNase និងសារធាតុសរីរាង្គពុលពេញមួយប្រតិបត្តិការ លឿន និងមានសុវត្ថិភាព, និងឥទ្ធិពលគឺល្អ(និយាយដោយចៃដន្យថាក្បាលទំពែក ប៉ុន្តែខ្ញុំដឹងថាអ្នកចង់ដឹង)។
ឧទាហរណ៍ទី 1៖ ទិន្នផលចម្រាញ់ DNA ហ្សែន និងភាពបរិសុទ្ធ
Foregene Soil DNA Isolation Kit (DE-05511) ព្យាបាលសំណាកដីពីប្រភពផ្សេងៗ ហើយបរិមាណ និងភាពបរិសុទ្ធនៃ DNA ហ្សែនដែលទទួលបានត្រូវបានបង្ហាញក្នុងតារាងខាងក្រោម៖
ឧទាហរណ៍ទី 2៖ ទិន្នផលចម្រាញ់ពីជាលិកា RNA និងភាពបរិសុទ្ធ
Animal Total RNA Isolation Kit (RE-03012) បានដំណើរការគំរូជាលិកាផ្សេងៗ ហើយបរិមាណ និងភាពបរិសុទ្ធនៃ RNA ដែលទទួលបានត្រូវបានបង្ហាញក្នុងតារាងខាងក្រោម (សម្រាប់ជាលិកាកណ្តុរ)៖
ទោះយ៉ាងណាក៏ដោយ កុំគិតថាអ្នកបានបញ្ចប់ជាមួយនឹងតម្លៃ OD ។តើអ្នកមានការយកចិត្តទុកដាក់លើចំណុចសំខាន់ៗដែលខ្ញុំបានគូរសម្រាប់អ្នកនៅខាងមុខទេ?
សេចក្តីជូនដំណឹង
ម៉ូលេគុលអាស៊ីត nucleic ដែលត្រូវបានបំបែកនឹងត្រូវបានគណនាផងដែរនៅក្នុងការស្រូបយក។ដោយសន្មត់ថាអ្នកមានសំណល់ DNA ហ្សែននៅក្នុង RNA តម្លៃ OD របស់អ្នកនឹងហាក់ដូចជាខ្ពស់ណាស់ ប៉ុន្តែកំហាប់ពិតប្រាកដនៃ RNA មិនអាចកំណត់បានទេ។ថាតើ RNA របស់អ្នកគឺឬអត់ វាមិនច្បាស់ថាតើមានការរិចរិលទេ ដូច្នេះយើងនៅតែត្រូវការវិធីសាស្រ្តវាយតម្លៃដ៏ទូលំទូលាយមួយ ដើម្បីផ្តល់ការវិនិច្ឆ័យដ៏ត្រឹមត្រូវបន្ថែមទៀត នោះគឺជាការវាយតម្លៃភាពសុចរិតនៃអាស៊ីត nucleic ដែលបានរៀបរាប់នៅក្នុង MIQE ។
ពេលវេលាប្រកាស៖ ថ្ងៃទី ១៣ ខែមករា ឆ្នាំ ២០២២
